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4680:
1520:- so TBP is probably not the only protein involved in positioning RNA polymerase II.. The binding of TBP to these promoters is facilitated by housekeeping gene regulators. Interestingly, transcription initiates within a narrow region at around 30 bp downstream of TATA box on TATA-containing promoters, while transcription start sites of TATA-less promoters are dispersed within a 200 bp region.
1260:
1601:, it distorts the DNA by inserting amino acid side-chains between base pairs, partially unwinding the helix, and doubly kinking it. The distortion is accomplished through a great amount of surface contact between the protein and DNA. TBP binds with the negatively charged phosphates in the DNA backbone through positively charged
1568:
Another distinctive feature of TBP is a long string of glutamines in the N-terminus of the protein. This region modulates the DNA binding activity of the C-terminus, and modulation of DNA-binding affects the rate of transcription complex formation and initiation of transcription. Mutations that
57:
4002:
Pointud JC, Mengus G, Brancorsini S, Monaco L, Parvinen M, Sassone-Corsi P, Davidson I (May 2003). "The intracellular localisation of TAF7L, a paralogue of transcription factor TFIID subunit TAF7, is developmentally regulated during male germ-cell differentiation".
3337:"Transcriptional autorepression of Msx1 gene is mediated by interactions of Msx1 protein with a multi-protein transcriptional complex containing TATA-binding protein, Sp1 and cAMP-response-element-binding protein-binding protein (CBP/p300)"
4634:
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5657:
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1877:
with or without a TATA box. In the presence of a TATA-less promoter, TBP binds with the help of TBP-associated factors (TAFs). TBP associates with a host of factors, including the general
6156:
2494:"Structure and function of a human transcription factor TFIIIB subunit that is evolutionarily conserved and contains both TFIIB- and high-mobility-group protein 2-related domains"
8363:
1639:
TBP's C-terminus composes of a helicoidal shape that (incompletely) complements the T-A-T-A region of DNA. This incompleteness allows DNA to be passively bent on binding.
1482:/TRF3. In specific cell types or on specific promoters TBP can be replaced by one of these TBP-related factors, some of which interact with the TATA box similarly to TBP.
2286:
Carninci P, Sandelin A, Lenhard B, Katayama S, Shimokawa K, Ponjavic J, et al. (June 2006). "Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution".
3435:"A role for the Msx-1 homeodomain in transcriptional regulation: residues in the N-terminal arm mediate TATA binding protein interaction and transcriptional repression"
1531:
region of the gene initiates the recruitment of other factors required for RNA Pol II to begin transcription. Some of the other recruited transcription factors include
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276:
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5702:
5687:
5373:
4479:
Nikolov DB, Hu SH, Lin J, Gasch A, Hoffmann A, Horikoshi M, Chua NH, Roeder RG, Burley SK (November 1992). "Crystal structure of TFIID TATA-box binding protein".
1505:(RNA Pol II). As one of the few proteins in the preinitiation complex that binds DNA in a sequence-specific manner, it helps position RNA polymerase II over the
6196:
2953:
Bushnell DA, Westover KD, Davis RE, Kornberg RD (February 2004). "Structural basis of transcription: an RNA polymerase II-TFIIB cocrystal at 4.5 Angstroms".
9991:
9975:
4794:
1565:
by 80° (the AT-rich sequence to which it binds facilitates easy melting). The TBP is an unusual protein in that it binds the minor groove using a β sheet.
3509:"CCAAT binding NF-Y-TBP interactions: NF-YB and NF-YC require short domains adjacent to their histone fold motifs for association with TBP basic residues"
6048:
983:
4089:"Human STAGA complex is a chromatin-acetylating transcription coactivator that interacts with pre-mRNA splicing and DNA damage-binding factors in vivo"
3006:"Human general transcription factor TFIIA: characterization of a cDNA encoding the small subunit and requirement for basal and activated transcription"
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199:
5833:
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5804:
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5789:
5717:
9713:
4643:: CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN COMPLEX BOUND TO AN EXTENDED, MODIFIED ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP)
6512:
3745:"Interaction of the COOH-terminal transactivation domain of p65 NF-kappa B with TATA-binding protein, transcription factor IIB, and coactivators"
5571:
1616:
The strain imposed on the DNA through this interaction initiates melting, or separation, of the strands. Because this region of DNA is rich in
4664:
4614:
2020:
1332:
2002:
10167:
3786:"Interactions between the retinoid X receptor and a conserved region of the TATA-binding protein mediate hormone-dependent transactivation"
4537:
3618:
Cvekl A, Kashanchi F, Brady JN, Piatigorsky J (June 1999). "Pax-6 interactions with TATA-box-binding protein and retinoblastoma protein".
3696:"Involvement of TFIID and USA components in transcriptional activation of the human immunodeficiency virus promoter by NF-kappaB and Sp1"
363:
9476:
5368:
4940:
1498:
1462:
TBP is a member of a small gene family of TBP-related factors. The first TBP-related factor (TRF/TRF1) was identified in the fruit fly
1191:
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2239:"The NSL complex-mediated nucleosome landscape is required to maintain transcription fidelity and suppression of transcription noise"
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of the gene. However, it is estimated that only 10–20% of human promoters have TATA boxes - the majority of human promoters are
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residues into the minor groove. As the DNA bends, its contact with TBP increases, thus enhancing the DNA-protein interaction.
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6014:
4239:"Cloning and characterization of human TAF20/15. Multiple interactions suggest a central role in TFIID complex formation"
4141:"Cloning and characterization of hTAFII18, hTAFII20 and hTAFII28: three subunits of the human transcription factor TFIID"
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6085:
5161:
4046:
Tao Y, Guermah M, Martinez E, Oelgeschläger T, Hasegawa S, Takada R, Yamamoto T, Horikoshi M, Roeder RG (March 1997).
4679:
6292:
5290:
1578:
376:
275:
2668:"c-Fos-induced activation of a TATA-box-containing promoter involves direct contact with TATA-box-binding protein"
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4607:
3065:"Transcription factor IIA derepresses TATA-binding protein (TBP)-associated factor inhibition of TBP-DNA binding"
1785:
4280:"Diversified transcription initiation complexes expand promoter selectivity and tissue-specific gene expression"
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5395:
4861:
4557:
2666:
Metz R, Bannister AJ, Sutherland JA, Hagemeier C, O'Rourke EC, Cook A, Bravo R, Kouzarides T (September 1994).
1890:
1866:
1506:
1441:
1028:
187:
3106:"Reconstitution of human TFIIA activity from recombinant polypeptides: a role in TFIID-mediated transcription"
1392:
2896:"Protein–protein interactions in eukaryotic transcription initiation: structure of the preinitiation complex"
9815:
7856:
7173:
6287:
6275:
1910:
1886:
1009:
4190:"Human TAF(II28) promotes transcriptional stimulation by activation function 2 of the retinoid X receptors"
3296:"The MDM2 C-terminal region binds to TAFII250 and is required for MDM2 regulation of the cyclin A promoter"
2766:"Multiprotein bridging factor-1 (MBF-1) is a cofactor for nuclear receptors that regulate lipid metabolism"
9946:
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6036:
5099:
4748:
4532:
2717:"In vitro association between the Jun protein family and the general transcription factors, TBP and TFIIB"
2237:
Lam KC, Chung HR, Semplicio G, Iyer SS, Gaub A, Bhardwaj V, Holz H, Georgiev P, Akhtar A (February 2019).
1574:
9938:
9498:
6297:
6233:
6228:
6041:
5117:
1628:, the DNA strands are more easily separated. Separation of the two strands exposes the bases and allows
1582:
4319:
Pugh BF (September 2000). "Control of gene expression through regulation of the TATA-binding protein".
4087:
Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (October 2001).
3901:"Cloning and expression of human TAFII250: a TBP-associated factor implicated in cell-cycle regulation"
2846:
Kabe Y, Goto M, Shima D, Imai T, Wada T, Morohashi Ki, Shirakawa M, Hirose S, Handa H (November 1999).
1388:
3556:
Seto E, Usheva A, Zambetti GP, Momand J, Horikoshi N, Weinmann R, Levine AJ, Shenk T (December 1992).
2807:"Interaction between endothelial differentiation-related factor-1 and calmodulin in vitro and in vivo"
7349:
6831:
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1102:
3647:"The POU domains of the Oct1 and Oct2 transcription factors mediate specific interaction with TBP"
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3845:"Rb inhibits the intrinsic kinase activity of TATA-binding protein-associated factor TAFII250"
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8749:
8744:
2380:"Conservation between the RNA polymerase I, II, and III transcription initiation machineries"
2183:
Lam KC, Mühlpfordt F, Vaquerizas JM, Raja SJ, Holz H, Luscombe NM, Manke T, Akhtar A (2012).
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2589:
2579:
2558:
Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (May 1997).
2523:
2513:
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amino acid residues. The sharp bend in the DNA is produced through projection of four bulky
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7851:
7846:
2331:"A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation"
1881:
TFIIA, -B, -D, -E, and -H, to form huge multi-subunit pre-initiation complexes on the core
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7539:
7534:
5581:
3507:
Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (June 1997).
2406:
1934:
431:
207:
170:, GTF2D, GTF2D1, HDL4, SCA17, TFIID, TATA-box binding protein, TATA-binding protein, TBP1
4492:
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2509:
2445:"Alternatively spliced hBRF variants function at different RNA polymerase III promoters"
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4457:
4389:"Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly"
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1554:, and is therefore involved in transcription initiation by all three RNA polymerases.
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4032:
3147:"Human TAFII250 interacts with RAP74: implications for RNA polymerase II initiation"
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2619:"Cloning and biochemical characterization of TAF-172, a human homolog of yeast Mot1"
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191:
3386:"Heterodimerization of Msx and Dlx homeoproteins results in functional antagonism"
2161:
1301:
3188:"A dynamic model for PC4 coactivator function in RNA polymerase II transcription"
2396:
2379:
2329:
Ni T, Corcoran DL, Rach EA, Song S, Spana EP, Gao Y, Ohler U, Zhu J (July 2010).
2201:
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3352:
2025:
National Center for
Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
2007:
National Center for
Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
1870:
1671:
1573:, and thus increase the length of the polyglutamine string, are associated with
1558:
722:
RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
3384:
Zhang H, Hu G, Wang H, Sciavolino P, Iler N, Shen MM, Abate-Shen C (May 1997).
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Mengus G, May M, Jacq X, Staub A, Tora L, Chambon P, Davidson I (April 1995).
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3558:"Wild-type p53 binds to the TATA-binding protein and represses transcription"
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Lee TI, Young RA (2000). "Transcription of eukaryotic protein-coding genes".
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4047:
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McCulloch V, Hardin P, Peng W, Ruppert JM, Lobo-Ruppert SM (August 2000).
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Schulman IG, Chakravarti D, Juguilon H, Romo A, Evans RM (August 1995).
1497:. TFIID is the first protein to bind to DNA during the formation of the
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Davidson I (July 2003). "The genetics of TBP and TBP-related factors".
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3958:"Functional analysis of the human TAFII250 N-terminal kinase domain"
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2805:
Mariotti M, De
Benedictis L, Avon E, Maier JA (August 2000).
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RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding
4571:
Overview of all the structural information available in the
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Sun X, Ma D, Sheldon M, Yeung K, Reinberg D (October 1994).
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1897:. There are several related TBPs, including TBP-like (TBPL)
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2848:"The role of human MBF1 as a transcriptional coactivator"
1466:, but appears to be fly or insect-specific. Subsequently
1264:
crystal structure of a yeast brf1-tbp-dna ternary complex
849:
transcription initiation from RNA polymerase II promoter
439:
899:
transcription elongation from RNA polymerase I promoter
859:
regulation of signal transduction by p53 class mediator
824:
transcription initiation from RNA polymerase I promoter
4673:: Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary Complex
2715:
Franklin CC, McCulloch AV, Kraft AS (February 1995).
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834:
positive regulation of transcription, DNA-templated
697:
cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
1981:
1979:
1977:
1960:
1958:
1956:
2040:"The molecular basis of eukaryotic transcription"
1478:genomes encode a third vertebrate family member,
894:RNA polymerase III preinitiation complex assembly
869:regulation of transcription by RNA polymerase III
386:
285:
1642:For information on the use of TBP in cells see:
889:regulation of transcription by RNA polymerase II
884:RNA polymerase II preinitiation complex assembly
3997:
3995:
3993:
3613:
3611:
3433:Zhang H, Catron KM, Abate-Shen C (March 1996).
3004:DeJong J, Bernstein R, Roeder RG (April 1995).
1569:expand the number of CAG repeats encoding this
16:Protein-coding gene in the species Homo sapiens
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3645:Zwilling S, Annweiler A, Wirth T (May 1994).
3245:Thut CJ, Goodrich JA, Tjian R (August 1997).
809:termination of RNA polymerase I transcription
8:
3186:Malik S, Guermah M, Roeder RG (March 1998).
3694:Guermah M, Malik S, Roeder RG (June 1998).
2764:Brendel C, Gelman L, Auwerx J (June 2002).
2617:Chicca JJ, Auble DT, Pugh BF (March 1998).
2430:"Entrez Gene: TBP TATA box binding protein"
1965:GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112592
1624:residues, which base-pair through only two
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1561:(double strand separation) by bending the
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2044:Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
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