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POU domain

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438:', which directly associates with the two components of bipartite DNA binding sites, and both are required for high affinity sequence-specific DNA-binding. The domain may also be involved in protein-protein interactions. The subdomains are connected by a 1110: 726:
Assa-Munt N, Mortishire-Smith RJ, Aurora R, Herr W, Wright PE (Apr 1993). "The solution structure of the Oct-1 POU-specific domain reveals a striking similarity to the bacteriophage lambda repressor DNA-binding domain".
1103: 2032: 6522: 1096: 2531: 813:"Characterization of chicken octamer-binding proteins demonstrates that POU domain-containing homeobox transcription factors have been highly conserved during vertebrate evolution" 995:
Klemm JD, Rould MA, Aurora R, Herr W, Pabo CO (Apr 1994). "Crystal structure of the Oct-1 POU domain bound to an octamer site: DNA recognition with tethered DNA-binding modules".
334:
There is a surprisingly high degree of amino acid sequence conservation (37%-42%) of POU homeodomains to the transcriptional regulator comS, the competence protein from the
4738: 468: 300: 217: 3416: 2438: 2433: 2428: 442:. In proteins a POU-specific domain is always accompanied by a homeodomain. Despite the lack of sequence homology, 3D structure of POUs is similar to 3D structure of 139: 2077: 2062: 1748: 862:
Johnson WA, Hirsh J (Feb 1990). "Binding of a Drosophila POU-domain protein to a sequence element regulating gene expression in specific dopaminergic neurons".
2571: 6366: 6350: 1169: 2423: 374:
referred to as the POU domain. The various members of the POU family have a wide variety of functions, all of which are related to the function of the
2208: 2201: 2196: 2184: 2179: 2174: 2169: 2164: 2092: 6088: 2887: 1946: 87: 5851: 1743: 1315: 6120: 5019: 3106: 434:). 3D structures of complexes including both POU subdomains bound to DNA are available. Both subdomains contain the structural motif ' 315:. The six classes diverged early in animal evolution: POU1, POU3, POU4, and POU6 classes evolved before the last common ancestor of 2564: 2559: 2487: 2477: 1354: 1344: 1179: 2482: 2396: 5418: 2694: 2684: 1285: 1164: 677:"Identification of comS, a gene of the srfA operon that regulates the establishment of genetic competence in Bacillus subtilis" 299:
Comparisons of POU domain genes across the animals suggests that the family can be divided into six major classes (POU1-POU6).
3049: 2689: 2384: 159: 6331: 6326: 5477: 2389: 772:"POU domain factors in the neuroendocrine system: lessons from developmental biology provide insights into human disease" 6426: 4762: 2912: 2465: 2455: 223: 4931: 4926: 4477: 2554: 2472: 2460: 1536: 2667: 1665: 406:
The POU domain is a bipartite domain composed of two subunits separated by a non-conserved region of 15-55 aa. The
383: 379: 6083: 2964: 2949: 2932: 2927: 2922: 2917: 2828: 2803: 2679: 2591: 2581: 1738: 1211: 5825: 5460: 4976: 4549: 4388: 3323: 3318: 3303: 2778: 2753: 2635: 2586: 2379: 1770: 1236: 147: 6190: 4231: 3548: 2662: 2650: 907:"Brain 4: a novel mammalian POU domain transcription factor exhibiting restricted brain-specific expression" 6321: 4368: 4363: 2758: 2655: 2450: 2411: 1474: 1123: 268: 249: 6313: 5873: 2672: 2608: 2603: 2416: 1492: 143: 5894: 5886: 3724: 3206: 2731: 2726: 2721: 2401: 2284: 1119: 367: 182: 100: 1088: 6542: 6208: 5912: 5608: 3811: 3016: 2598: 2576: 2549: 2511: 2445: 5746: 1020: 887: 752: 375: 371: 355: 194: 462: 1040:"Structure of Pit-1 POU domain bound to DNA as a dimer: unexpected arrangement and flexibility" 5328: 5319: 4956: 3904: 2645: 2640: 1061: 1012: 974: 957:
Phillips K, Luisi B (Oct 2000). "The virtuoso of versatility: POU proteins that flex to fit".
936: 879: 844: 793: 744: 708: 657: 639: 600: 583:
Phillips K, Luisi B (Oct 2000). "The virtuoso of versatility: POU proteins that flex to fit".
548: 544: 540: 536: 532: 528: 342: 134: 5139: 5134: 5129: 5124: 5119: 524: 378:
and the development of an organism. Some other genes are also regulated, including those for
4211: 3855: 3837: 2406: 2353: 2127: 1051: 1004: 966: 926: 918: 871: 834: 824: 783: 736: 698: 688: 647: 631: 592: 564: 560: 554: 435: 5299: 5294: 5244: 5234: 5214: 5199: 5179: 5104: 5084: 4226: 4221: 126: 5996: 5219: 5089: 4455: 4413: 4408: 4403: 4341: 4253: 4175: 3963: 3914: 3909: 1956: 439: 387: 6093: 4373: 4356: 2499: 2154: 1151: 922: 652: 619: 395: 175: 931: 906: 346:. Akin to the way that POU homeodomain regulators lead to tissue differentiation in 6536: 4951: 4291: 2716: 2504: 1832: 1008: 839: 812: 740: 703: 676: 335: 92: 1024: 756: 350:, this transcription factor is critical for differentiation of a subpopulation of 56: 6501: 5813: 5696: 5688: 5059: 5015: 4018: 3866: 891: 443: 122: 1084: 430: 416: 68: 6185: 5788: 4268: 3983: 3948: 2337: 2142: 2137: 1580: 1384: 1379: 1275: 1155: 186: 817:
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
6497: 6448: 5920: 5524: 5433: 5413: 5386: 4482: 4331: 4319: 4314: 3313: 3308: 2072: 2067: 2045: 1911: 1729: 1433: 1374: 1369: 1349: 455: 421: 407: 338: 328: 274: 643: 6371: 6361: 6344: 5818: 4837: 2542: 1971: 1629: 693: 635: 391: 347: 324: 320: 285: 210: 179: 978: 970: 829: 797: 788: 771: 661: 604: 596: 205:
The acronym POU is derived from the names of three transcription factors:
1065: 1016: 940: 883: 848: 811:
Petryniak B, Staudt LM, Postema CE, McCormack WT, Thompson CB (Feb 1990).
748: 712: 96: 17: 5838: 5616: 3978: 2537: 2494: 1546: 1080: 1056: 1039: 1038:
Jacobson EM, Li P, Leon-del-Rio A, Rosenfeld MG, Aggarwal AK (Jan 1997).
425: 411: 63: 6238: 6218: 6213: 5925: 3899: 3683: 1595: 1590: 1585: 1573: 1568: 280: 80: 75: 6419: 6414: 6409: 6399: 6394: 6113: 5668: 5663: 5658: 5653: 4919: 4914: 4791: 4786: 4781: 4766: 4757: 4752: 4747: 4726: 4640: 4635: 4423: 4418: 4398: 4393: 4383: 4378: 4216: 4168: 4163: 4158: 4153: 4123: 4118: 4113: 4108: 4078: 4028: 4023: 3786: 3706: 3678: 3673: 3668: 3663: 3658: 3653: 3648: 3643: 3638: 3633: 3628: 3623: 3618: 3613: 3608: 3603: 3598: 3593: 3583: 3578: 3573: 3568: 3563: 3558: 3553: 3543: 3538: 3533: 3493: 3446: 3441: 3436: 3431: 3426: 3421: 3411: 3399: 3394: 3160: 3155: 3150: 3032: 3027: 2999: 2994: 2979: 2974: 2969: 2959: 2954: 2942: 2937: 2309: 2304: 2299: 2294: 2289: 2264: 2191: 2159: 2102: 2097: 1884: 1879: 1874: 1758: 1563: 1453: 1448: 1421: 1416: 1411: 1337: 875: 520: 514: 510: 506: 500: 496: 492: 488: 482: 474: 316: 304: 289: 241: 230: 154: 454:
Human genes encoding proteins containing the POU domain and related
6463: 6441: 6436: 6404: 6293: 6288: 6233: 6228: 6223: 6167: 6076: 6071: 6066: 6061: 6056: 6051: 6046: 6041: 5989: 5984: 5972: 5967: 5962: 5957: 5945: 5940: 5935: 5930: 5899: 5866: 5861: 5856: 5803: 5798: 5793: 5768: 5726: 5721: 5716: 5711: 5706: 5701: 5673: 5626: 5621: 5567: 5562: 5557: 5552: 5529: 5304: 5289: 5284: 5279: 5274: 5269: 5264: 5259: 5254: 5249: 5239: 5229: 5224: 5209: 5204: 5194: 5189: 5184: 5174: 5169: 5164: 5159: 5154: 5149: 5144: 5114: 5109: 5099: 5094: 5079: 5074: 5069: 5064: 4998: 4993: 4988: 4961: 4936: 4904: 4897: 4892: 4798: 4776: 4771: 4743: 4721: 4716: 4711: 4706: 4601: 4596: 4541: 4534: 4529: 4514: 4487: 4148: 4143: 4138: 4133: 4128: 4103: 4098: 4093: 4088: 4083: 4073: 4068: 4063: 4058: 4053: 4048: 4043: 4038: 4033: 4013: 4008: 4003: 3998: 3993: 3988: 3973: 3968: 3793: 3781: 3776: 3771: 3766: 3734: 3729: 3528: 3518: 3513: 3508: 3503: 3498: 3488: 3483: 3478: 3473: 3389: 3379: 3372: 3367: 3362: 3357: 3347: 3291: 3286: 3281: 3276: 3271: 3266: 3261: 3182: 3177: 3172: 3116: 3111: 3010: 2989: 2984: 2858: 2853: 2848: 2843: 2838: 2833: 2040: 1805: 1800: 1795: 1785: 1780: 1775: 1765: 1753: 1703: 1683: 1624: 1612: 1607: 1531: 1524: 1519: 1509: 1502: 1497: 1428: 1359: 1332: 1327: 1310: 1305: 1300: 1295: 1290: 1280: 1268: 1263: 1241: 1231: 1226: 1216: 905:
Mathis JM, Simmons DM, He X, Swanson LW, Rosenfeld MG (Jul 1992).
620:"The Early Expansion and Evolutionary Dynamics of POU Class Genes" 478: 308: 293: 263: 234: 6490: 6485: 6480: 6470: 6458: 6453: 6300: 6283: 6147: 6142: 6137: 6108: 6103: 6036: 6031: 6026: 6021: 6016: 6011: 6006: 6001: 5952: 5846: 5808: 5783: 5778: 5773: 5756: 5648: 5641: 5636: 5517: 5512: 5507: 5502: 5497: 5492: 5487: 5482: 5472: 5465: 5455: 5450: 5438: 5428: 5423: 5406: 5401: 5396: 5379: 5374: 5369: 5344: 5339: 5334: 5052: 5047: 5042: 5037: 5032: 4971: 4946: 4941: 4882: 4877: 4872: 4867: 4862: 4857: 4852: 4847: 4842: 4813: 4808: 4701: 4696: 4691: 4686: 4672: 4667: 4662: 4657: 4652: 4623: 4618: 4613: 4579: 4574: 4569: 4564: 4559: 4554: 4519: 4507: 4502: 4497: 4450: 4445: 4440: 4435: 4430: 4351: 4336: 4326: 4302: 4297: 4283: 4278: 4273: 4263: 4258: 4246: 4241: 4185: 4180: 3958: 3943: 3938: 3926: 3921: 3754: 3749: 3744: 3588: 3523: 3468: 3463: 3458: 3342: 3337: 3332: 3256: 3251: 3246: 3241: 3236: 3231: 3226: 3221: 3216: 3199: 3194: 3138: 3133: 3101: 3096: 3091: 3081: 3076: 3069: 3064: 3059: 3054: 3044: 3039: 3022: 2880: 2875: 2870: 2798: 2259: 2254: 2249: 2244: 2239: 2234: 2147: 2132: 2109: 2082: 2055: 2050: 2015: 1993: 1988: 1983: 1966: 1961: 1951: 1941: 1891: 1849: 1844: 1827: 1822: 1817: 1715: 1710: 1698: 1656: 1651: 1641: 1556: 1551: 1541: 1460: 1443: 1406: 1394: 1389: 1364: 1322: 1251: 1246: 1221: 1204: 1199: 1194: 1189: 1184: 1174: 1076: 312: 116: 51: 6261: 5590: 3832: 2332: 1134: 1092: 618:
Gold, David A.; Gates, Ruth D.; Jacobs, David K. (2014-12-01).
6132: 5761: 5751: 5631: 5027: 4584: 3933: 3384: 3121: 2615: 2087: 1916: 1906: 1901: 1693: 1688: 1075:
This article incorporates text from the public domain
410:
subunit is known as the POU-specific (POUs) domain (
6380: 6340: 6309: 6274: 6199: 6176: 6158: 5908: 5882: 5834: 5737: 5684: 5604: 5538: 5355: 5315: 5011: 4828: 4468: 4194: 3882: 3863: 3851: 3802: 3715: 3694: 2896: 2816: 2787: 2767: 2742: 2705: 2624: 2520: 2368: 2349: 2275: 2220: 2118: 2028: 2004: 1927: 1860: 1724: 1674: 1483: 1469: 1147: 153: 133: 115: 110: 86: 74: 62: 50: 42: 37: 32: 266:have been described in organisms as divergent as 311:are members of POU2, while Unc-86 is a member of 675:D'Souza C, Nakano MM, Zuber P (September 1994). 990: 988: 288:and human but have not been yet identified in 6523:transcription factor/coregulator deficiencies 5594:β-Scaffold factors with minor groove contacts 1104: 952: 950: 8: 6271: 6258: 5601: 5587: 3879: 3860: 3848: 3829: 2365: 2346: 2329: 1480: 1144: 1131: 1111: 1097: 1089: 107: 33:Pou domain - N-terminal to homeobox domain 1055: 930: 838: 828: 787: 702: 692: 651: 575: 29: 770:Andersen B, Rosenfeld MG (Feb 2001). 7: 2277:(1.6) Basic helix-span-helix (bHSH) 446:and other members of HTH_3 family. 327:, and POU5 appears to be unique to 923:10.1002/j.1460-2075.1992.tb05320.x 25: 247:nc-86 transcription factor from 6264:(0) Other transcription factors 5548:transcriptional enhancer factor 1165:Activating transcription factor 624:Molecular Biology and Evolution 444:bacteriophage lambda repressor 424:subunit is a homeobox domain ( 237:(octamer sequence is ATGCAAAT) 1: 5478:Interferon regulatory factors 3717:(2.5) Alternating composition 2913:General transcription factors 111:Available protein structures: 4763:Octamer transcription factor 1471:(1.2) Basic helix-loop-helix 1009:10.1016/0092-8674(94)90231-3 959:Journal of Molecular Biology 741:10.1016/0092-8674(93)90171-L 681:Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 585:Journal of Molecular Biology 366:POU proteins are eukaryotic 1537:Myogenic regulatory factors 303:is part of the POU1 class, 227:ctamer transcription factor 6559: 1074: 390:genes, such as those for 197:found in these proteins. 6518: 6270: 6257: 5600: 5586: 5357:(3.5) Tryptophan clusters 3847: 3828: 2345: 2328: 1143: 1130: 185:that have well-conserved 106: 6178:(4.10) Cold-shock domain 174:(pronounced 'pow') is a 1124:intracellular receptors 1044:Genes & Development 694:10.1073/pnas.91.20.9397 370:containing a bipartite 971:10.1006/jmbi.2000.4107 830:10.1073/pnas.87.3.1099 789:10.1210/edrv.22.1.0421 597:10.1006/jmbi.2000.4107 323:, POU2 evolved in the 269:Caenorhabditis elegans 250:Caenorhabditis elegans 5887:TATA-binding proteins 1120:Transcription factors 636:10.1093/molbev/msu243 376:neuroendocrine system 368:transcription factors 183:transcription factors 1057:10.1101/gad.11.2.198 380:immunoglobulin light 6382:(0.6) Miscellaneous 5913:High-mobility group 5609:Rel homology region 2599:Testicular receptor 2340:DNA-binding domains 5747:p53 p63 p73 family 5320:Heat shock factors 372:DNA binding domain 356:genetic competence 195:DNA binding domain 6530: 6529: 6514: 6513: 6510: 6509: 6253: 6252: 6249: 6248: 5582: 5581: 5578: 5577: 4824: 4823: 4464: 4463: 3824: 3823: 3820: 3819: 2812: 2811: 2668:Mineralocorticoid 2324: 2323: 2320: 2319: 2024: 2023: 1137:(1) Basic domains 870:(6257): 467–470. 776:Endocrine Reviews 630:(12): 3136–3147. 343:Bacillus subtilis 169: 168: 165: 164: 160:structure summary 16:(Redirected from 6550: 6354:-related factors 6272: 6259: 6160:(4.9) Grainyhead 5602: 5588: 5540:(3.6) TEA domain 4830:(3.2) Paired box 4471: 4205: 4199: 3893: 3887: 3880: 3876: 3870: 3861: 3849: 3838:Helix-turn-helix 3830: 2792: 2772: 2747: 2710: 2680:Estrogen related 2629: 2525: 2373: 2366: 2354:Nuclear receptor 2347: 2330: 2009: 1930: 1863: 1732: 1677: 1486: 1481: 1145: 1132: 1113: 1106: 1099: 1090: 1070: 1069: 1059: 1035: 1029: 1028: 992: 983: 982: 965:(5): 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Index

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Pfam
PF00157
InterPro
IPR000327
PROSITE
PDOC00035
SCOP2
1oct
SCOPe
SUPFAM
Pfam
structures
ECOD
PDB
RCSB PDB
PDBe
PDBj
PDBsum
structure summary
family
eukaryotic
transcription factors
homeodomains
DNA binding domain
Pituitary
Pit-1
Octamer transcription factor
Oct-1
Oct-2

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