110:
125:
92:", the ribosomal RNA core is represented as a grey tube and expansion segments are shown in red. Proteins which have homologs in eukaryotes, archaea and bacteria are shown as blue ribbons. Proteins shared only between eukaryotes and archaea are shown as orange ribbons and proteins specific to eukaryotes are shown as red ribbons.
1355:
1292:
1038:
910:
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586:
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364:
332:
300:
268:
236:
1921:
Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian
154:
experiments. Therefore, different names may refer to homologous proteins from different organisms, while identical names do not necessarily denote homologous proteins. The table "60S ribosomal proteins" cross-references the human ribosomal protein names with yeast, bacterial, and archaeal homologs.
67:
Characteristic features of the large subunit, shown below in the "Crown View", include the central protuberance (CP) and the two stalks, which are named according to their bacterial protein components (L1 stalk on the left as seen from the subunit interface and L7/L12 on the right). There are three
146:
The table "60S ribosomal proteins" shows the individual protein folds of the 60S subunit colored by conservation as above. The eukaryote-specific extensions, ranging from a few residues or loops to very long alpha helices and additional domains, are highlighted in red.
2036:
Traditionally, ribosomal proteins were named according to their apparent molecular weight in gel electrophoresis, leading to different names for homologous proteins from different organisms. The RPG offers a unified nomenclature for ribosomal protein genes based on
3024:
1518:
109:
2675:
1593:
Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Crystal structure of the eukaryotic 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6".
124:
2499:
150:
Historically, different nomenclatures have been used for ribosomal proteins. For instance, proteins have been numbered according to their migration properties in
2086:
88:
center, PTC) of the ribosome. The rRNA core is decorated with dozens of proteins. In the figure "Crystal
Structure of the Eukaryotic 60S Ribosomal Subunit from
3747:
3054:
1922:
MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014).
3064:
1707:
Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (Aug 2000). "The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution".
1550:
44:
3101:
3097:
2027:
EAB means conserved in eukaryotes, archaea and bacteria, EA means conserved in eukaryotes and archaea and E means eukaryote-specific protein
1750:
Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (Sep 1999). "X-ray crystal structures of 70S ribosome functional complexes".
3476:
3471:
3466:
3461:
3451:
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3093:
3286:
3281:
3271:
2154:
55:. However, the 60S subunit is much larger than the prokaryotic 50S subunit and contains many additional protein segments, as well as
2079:
3740:
3044:
3039:
3034:
2149:
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1716:
1660:
1602:
85:
3892:
2637:
1895:
Structure of the 'T. thermophila,' proteins from the structures of the large subunit PDBS 417, 4A19
1647:
Ben-Shem, A; Garreau; de
Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (Dec 2011).
151:
1785:
Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (May 2001).
3919:
1824:
1686:
1626:
1569:
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1043:
915:
751:
591:
56:
3725:
1981:"The Human Ribosomal Protein Genes: Sequencing and Comparative Analysis of 73 Genes"
1828:
2297:
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1455:
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3705:
1939:
1947:
3883:
2792:
1979:
Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002).
1811:
1786:
1673:
1648:
1614:
2014:
1965:
1882:
1820:
1771:
1736:
1682:
1622:
1904:
Nomenclature according to the ribosomal protein gene database, applies to
118:
subunit viewed from the subunit interface side, PDB identifiers 4A17, 4A19
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4004:
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3960:
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3760:
2707:
2702:
2697:
1864:
32:
133:
subunit viewed from the solvent-exposed side, PDB identifiers 4A17, 4A19
3986:
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427:
363:
331:
299:
267:
235:
97:
Crystal
Structure of the Eukaryotic 60S Ribosomal Subunit from
80:(abbreviated 28S rRNA), which is homologous to the prokaryotic
4036:
4008:
3935:
3907:
3865:
3842:
3808:
3785:
1649:"The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution"
130:
115:
52:
48:
40:
76:
for details). The core of the 60S subunit is formed by the
1787:"Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution"
47:. It is structurally and functionally related to the
4057:
3996:
3952:
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2191:
2163:
2135:
2126:
2119:
27:Ribosomal particles are denoted according to their
72:, the A-site, P-site and E-site (see article on
3741:
2080:
8:
1924:"A new system for naming ribosomal proteins"
1847:Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004).
43:, with the other major component being the
3888:
3748:
3734:
3726:
3261:
2797:
2788:
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2230:
2132:
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2087:
2073:
2065:
1849:"RPG: the Ribosomal Protein Gene database"
1642:
1640:
161:
84:, which also contributes the active site (
2046:RPL28 has no detectable homolog in yeast
2004:
1955:
1872:
1810:
1672:
1572:at the U.S. National Library of Medicine
1588:
1586:
1584:
1582:
1551:Eukaryotic small ribosomal subunit (40S)
155:Further information can be found in the
45:eukaryotic small ribosomal subunit (40S)
1562:
105:
2060:Ribosomal Protein Gene Database (RPG)
1928:Current Opinion in Structural Biology
1842:
1840:
1838:
1702:
1700:
157:ribosomal protein gene database (RPG)
7:
156:
25:
1511:
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330:
298:
266:
234:
202:
123:
108:
39:subunit is the large subunit of
1:
1764:10.1126/science.285.5436.2095
1729:10.1126/science.289.5481.905
4098:
29:sedimentation coefficients
3691:Aminoacyl tRNA synthetase
1940:10.1016/j.sbi.2014.01.002
53:70S prokaryotic ribosomes
3715:Kozak consensus sequence
1934:. Elsevier BV: 165–169.
1574:Medical Subject Headings
41:eukaryotic 80S ribosomes
3711:Shine-Dalgarno sequence
1812:10.1126/science.1060089
1674:10.1126/science.1212642
1615:10.1126/science.1211204
168:Structure (Eukaryotic)
163:60S ribosomal proteins
142:60S ribosomal proteins
1570:60S+Ribosome+Subunits
2611:Mitochondrial
2096:Protein biosynthesis
86:peptidyl transferase
59:expansion segments.
4064:(See article table)
1803:2001Sci...292..883Y
1758:(5436): 2095–2104.
1721:2000Sci...289..905B
1665:2011Sci...334.1524B
1659:(6062): 1524–1529.
1607:2011Sci...334..941K
190:Bacterial homolog (
164:
152:gel electrophoresis
74:protein translation
4059:Ribosomal proteins
2784:Ribosomal Proteins
1865:10.1093/nar/gkh004
1859:(90001): D168–70.
162:
68:binding sites for
4069:
4068:
4053:
4052:
3723:
3722:
3679:
3678:
3675:
3674:
3671:
3670:
3251:
3250:
2740:
2739:
2664:Eukaryotic
2601:Elongation factor
2595:
2594:
2591:
2590:
2128:Initiation factor
1997:10.1101/gr.214202
1853:Nucleic Acids Res
1797:(5518): 883–896.
1715:(5481): 905–920.
1601:(6058): 941–948.
1542:
1541:
197:Archaeal homolog
78:28S ribosomal RNA
63:Overall structure
16:(Redirected from
4089:
3889:
3750:
3743:
3736:
3727:
3262:
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2008:
1976:
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